Analysis and trends of photo-trapping in Mexico: text mining in R

Abstract

Abstract: This paper gathers published studies that used photo-trapping as the primary or supplementary method to obtain data on mammal and bird species in Mexico. The aim is to determine temporal trends, scientific journals, species, research groups, regions, and key topics investigated using this technology. A secondary objective of this paper was to illustrate the usefulness of text mining tools to analyze and summarize relatively large amounts of information. Papers about photo-trapping in Mexico published in specialized journals and books from 1998 to 2017 were compiled from Google Scholar and processed with various packages in R. A total of 188 papers about photo-trapping in Mexico were compiled, with 88.2 % published in 50 journals over the past seven years. The main journals were Therya, Revista Mexicana de Biodiversidad, Acta Zoologica Mexicana (New Series) and Revista de Biología Tropical. The articles identified were written by 406 co-authors, 28 of whom contributed with 32.4 % of the papers published. A total of 40 species were reported in the title and abstract of these papers; the most frequent species were Panthera onca, Leopardus pardalis, Puma concolor, Tapirus bairdii, Tayassu pecari, Odocoileus virginianus, and Cuniculus paca. Oaxaca, Campeche, Sonora, Chiapas, Guanajuato, and Puebla were the main states where studies were conducted; in particular, most of them were carried out within Biosphere Reserves. Major research topics comprised records that broaden the distribution range, estimates of relative abundance and density, analysis of activity patterns, ecological interactions between species, and use of photo-trapping data as supplementary information to elaborate inventories of species. The analysis of text mining clearly indicates a trend towards an increasing use of photo-trapping in Mexico. Felines, ungulates and various species of the order Carnivora are main subjects of study. Photo-trapping has been used to explore a number of aspects of the biology of animal species. A large number of studies have been carried out in southeastern Mexico. The use of text mining techniques is a practical approach to analyze large volumes of data.

Translated abstract

Resumen: El objetivo del presente trabajo fue recopilar los estudios publicados donde se emplea el foto-trampeo como método principal o complementario para la obtención de datos de mamíferos y aves de talla mediana y grande en México, con la finalidad de conocer la tendencia temporal, revistas donde se publicó, especies, grupos de investigación, regiones y temas principales abordados con esta tecnología. Adicionalmente, como segundo propósito en este trabajo se ejemplifica la utilidad de las herramientas de minería de textos para analizar y sintetizar cantidades relativamente grandes de información. Se recopilaron libros, capítulos y artículos científicos publicados sobre foto-trampeo en México entre 1998 a 2017 en el Google Académico, y se procesaron a través de minería de textos con diferentes paquetes en R. Se encontraron 188 artículos sobre foto-trampeo en México de los cuales el 88.2 % fue publicado en los últimos siete años. Los artículos fueron publicados en 50 revistas; destacan Therya, Revista Mexicana de Biodiversidad y Acta Zoológica Mexicana (nueva serie) y Revista de Biología Tropical. Los artículos fueron escritos por 406 coautores, de los cuales 28 han contribuido con el 32.4 % de los trabajos publicados. Un total de 40 especies se reporta en el título y resumen de los documentos; de las cuales las más estudiadas fueron: Panthera onca, Leopardus pardalis, Puma concolor, Tapirus bairdii, Tayassu pecari, Odocoileus virginianus y Cuniculus paca. Oaxaca, Campeche, Sonora, Chiapas, Guanajuato y Puebla fueron los principales estados estudiados. En particular, destacan Reservas de la Biosfera. Los principales temas de investigación tratan sobre registros notables que amplían el rango de distribución geográfica de varias especies, diversidad, estimaciones de abundancia relativa y de la densidad de población utilizando captura-recaptura, análisis de patrones de actividad entre especies, e interacciones ecológicas. El análisis de minería de texto indica claramente que el foto-trampeo es un método en crecimiento en México. Los felinos, ungulados y varias especies del orden Carnívora, son los más frecuentemente estudiados. El foto-trampeo se ha empleado para conocer variados aspectos de la biología de las especies animales. La región del Sureste del país es donde se ha realizado un mayor número de estudios. El empleo de técnicas de minería de texto es una alternativa práctica para analizar volúmenes grandes de datos.