Rhizospheric soil is one the largest reservoirs of microbial genetic diversity. Before conducting a large-scale metagenomic analysis of an environment, such as a rhizospheric soil, it is necessary to perform a pre-screening of the resident genetic diversity. In this study, we analyzed the bacterial diversity associated with the rhizosphere of wheat plants by PCR amplification, construction of a library and sequencing of 16S rDNA genes. Thirty OTUs were detected, including the Classes Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Gammaproteobateria, Actinobacteria, Bacilli, Clostridia and Uncultivable bacteria. Within the Gammaproteobacteria class, the genera Pseudomonas, Stenotrophomonas and Bacillus were the most abundant, since they corresponded to 40% of the whole ribosomal library. Phylogenetic analysis showed that most of the ribosomal sequences are grouped into clades that belong to common rhizospheric or bulk-soil bacteria. To determine whether the sample is significantly diverse, a Shannon-Wiener test was performed, resulting in a rate of 3.8 bits per individual. Our results suggest that the rhizosphere of wheat plants is highly diverse and results an excellent candidate for metagenomic analysis.
El suelo rizosférico es uno de los reservorios más grandes de la diversidad genética microbiana. Antes de realizar un estudio metagenómico a gran escala de un ambiente, tal como el suelo rizosférico, es necesario realizar un análisis previo de la diversidad genética residente. Por ello, en este trabajo se detectó la diversidad bacteriana asociada a la rizósfera de plantas de trigo por medio de la amplificación de PCR, construcción de una biblioteca y secuenciación de los genes 16S ribosomales. Se detectaron 30 OTUs, incluyendo las Clases Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Gammaproteobateria, Actinobacteria, Bacilli, Clostridia y bacterias no cultivables. Dentro de las Gammaproteobateria, los géneros más abundantes fueron Pseudomonas, Stenotrophomonas y Bacillus, ya que correspondieron al 40% del total de la biblioteca ribosomal completa. El análisis filogenético demostró que la mayoría de las secuencias ribosomales se agrupan en los clados que pertenecen a bacterias comunes del suelo o rizosféricas. Para determinar si la muestra es bastante diversa se llevó a cabo una prueba de Shannon-Wiener, resultando en una tasa de 3,8 bits por individuo. Nuestros resultados sugieren que la rizósfera de plantas de trigo es muy diversa y resulta un candidato excelente para otro tipo de análisis metagenómicos.