Fundamento: no hay verdadera educación superior sin actividad de investigación explícita e implícita, ella forma parte del proceso enseñanza aprendizaje y tiene un gran valor en la formación profesional. Métodos: se realizó una investigación aplicando los enfoques dialéctico materialista y mixto con el propósito de describir las principales dificultades en el desarrollo de las habilidades investigativas en los estudiantes de Medicina en la Filial de Ciencias Médicas "Lidia Doce Sánchez", durante el curso 2011-2012. El universo de estudio estuvo constituido por 100 informes de trabajos científicos de estudiantes de 3ro al 5to años, la muestra: 60 de ellos. Para la revisión se confeccionó una guía, además se realizó entrevista a la jefa de departamento de la carrera y a la presidenta de la Federación Estudiantil Universitaria. Los datos obtenidos fueron procesados aplicando la estadística descriptiva con distribución de frecuencia absoluta y relativa y la triangulación de fuentes. Resultados: predominan en los estudiantes de 3er año las mayores dificultades en el desarrollo de las habilidades investigativas. El diseño de la investigación fue el aspecto más afectado, fundamentalmente en el planteamiento del problema, la formulación de los objetivos y las hipótesis. Conclusiones: se evidenció la necesidad de continuar elevando la preparación investigativa para que la actividad científica estudiantil alcance mayor calidad. Las asignaturas y disciplinas del currículo, los tutores, y la FEU, como organización estudiantil, deben intensificar su trabajo de forma tal que contribuya a elevar la motivación y participación de los estudiantes en los forum científicos estudiantiles, lo que tributaría a un mayor desarrollo de las habilidades investigativas.
