Allele-specific PCR assay to genotype SNP rs7903146 in TCF7L2 gene for rapid screening of diabetes susceptibility Translated title: Ensaio de PCR alelo-específico para genotipar o SNP rs7903146 no gene TCF7L2 para rápida triagem de suscetibilidade ao diabetes

Abstract

OBJECTIVE: The aim of the present study is to validate a rapid and simple allele-specific PCR that genotypes TCF7/L2 rs7903146 (C/T) polymorphism with standard PCR instruments. METHODS: Two forward primers with variations in their 3' nucleotides were designed in such a way that each was specific for one of the two variants. They were combined with a common reverse primer into two PCR reactions. Specific amplification indicates the presence of the allele. One hundred and four DNA samples were genotyped by this method. To evaluate the assay, the polymorphism spanning region of 63 DNA samples representing the three possible genotypes was sequenced. RESULTS: The rs7903146 allele assignments derived from the allele-specific PCR were in complete agreement with sequencing. CONCLUSIONS: The assay described here is a suitable strategy for the TCF7/L2 rs7903146 (C/T) genotyping also allowing rapid and reliable identification.

Translated abstract

OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi validar um método de PCR alelo-específico, rápido e simples, para genotipagem do polimorfismo rs7903146 (C/T) no gene TCF7/L2 utilizando equipamentos convencionais. MÉTODOS: Dois primers forward com variações nos seus nucleotídeos 3' foram desenhados de forma que cada um fosse específico para uma das variantes. Eles foram combinados com um primer reverso comum em duas reações de PCR. A amplificação de tamanho específico indica a presença do alelo. Cento e quatro amostras de DNA foram genotipadas por esse método. Para validar o ensaio, uma amostragem representativa dos três possíveis genótipos (63 amostras) teve a região contendo o polimorfismo seqüenciada. RESULTADOS: A genotipagem do polimorfismo rs7903146 derivada da PCR alelo-específica estava em completa concordância com o sequenciamento. CONCLUSÕES: O ensaio aqui descrito é uma estratégia adequada para a genotipagem do polimorfismo rs7903146 (C/T) do gene TCF7/L2 e permite identificação alélica rápida e precisa.