Cytochrome c oxidase subunit 1 gene reveals species composition and phylogenetic relationships of Oesophagostomum spp. infecting pigs in northeastern Brazil Translated title: Inferências filogenéticas e caracterização de Oesophagostomum spp. parasitos de suínos no estado do Piauí, Brasil, por sequenciamento parcial de DNA mitocondrial

Abstract

Helminths of the genus Oesophagostomum cause enteric diseases and affect domestic animals such as pigs. The aim of this study was to explore the species composition and genetic diversity of Oesophagostomum spp. infecting pigs in close contact with humans in the state of Piauí, Brazil. Eighty-seven fecal samples were collected for parasitological tests and molecular analysis. Through microscopy, the overall positivity rate for strongyliform eggs was 81.6% among the pigs studied. Forty-two strongyliform egg samples were subjected to PCR and six cox1 sequences (637 bp) were identified for the genus Oesophagostomum. The sequences were identified as Oesophagostomum dentatum, O. quadrispinulatum and O. columbianum. In the phylogenetic tree and haplotype network, 89 sequences were separated into seven clusters, which also included reference sequences from GenBank. Oesophagostomum dentatum and O. quadrispinulatum were seen to be closely related species and formed a monophyletic group related to O. aculeatum. Oesophagostomum columbianum showed similarity with sequences from parasites infecting small ruminants and the clade was positioned closer to O. bifurcum. High interspecific diversity was found and intraspecific diversity varied according to the species. This was the first study to characterize Oesophagostomum DNA sequences obtained from pigs in Brazil.

Resumo

Parasitos do gênero Oesophagostomum causam doenças entéricas e podem afetar a criação de animais, como os suínos. O objetivo deste estudo foi identificar as espécies e explorar a diversidade genética de Oesophagostomum spp. infectando suínos em contato próximo com humanos, no estado do Piauí, Brasil. Oitenta e sete amostras fecais foram coletadas para testes parasitológicos, análise morfométrica dos ovos e análises moleculares. A taxa geral de positividade para ovos estrongiliformes foi de 81,6%. Quarenta e duas amostras de ovos estrongiliformes foram submetidas à PCR e seis sequências cox1 (637 bp) foram identificadas para o gênero Oesophagostomum. As sequências foram identificadas como Oesophagostomum dentatum, O. quadrispinulatum e O. columbianum. Na árvore filogenética e na rede haplotípica, 89 sequências foram separadas em sete clusters, incluindo sequências de referência do GenBank. Oesophagostomum dentatum e O. quadrispinulatum são espécies estreitamente relacionadas e formaram um grupo monofilético com O. aculeatum. Oesophagostomum columbianum apresentou semelhança com sequências de parasitas obtidos de pequenos ruminantes e o clado foi posicionado mais próximo de O. bifurcum. Alta diversidade interespecífica foi encontrada e a diversidade intraespecífica variou de acordo com as espécies. Esse foi o primeiro estudo a caracterizar sequências de DNA de Oesophagostomum isoladas de suínos no Brasil.